La nitrificación es el proceso a través del cual las bacterias nitrificantes transforman el amonio en nitrato. Se necesitan dos pasos distintos para que esto suceda. Las Nitrosomonas sp. oxidan el amonio en un producto intermedio, el nitrito. Las Nitrobacter sp. transforman el nitrito en nitrato. El proceso de nitrificación puede hacer cambiar el pH del sistema de manera espectacular. Por cada miligramo de amonio oxidado, la alcalinidad del agua residual es consumida, a un ritmo de 7,14mg.

Es debida a la emisión de oxidos de nitrógeno y de azufre, con una doble procedencia; la natural y la antropogénica. La primera se refiere a que la propia natraleza es la responsable. Y el segundo se refiere a la actividad industrial y a otros procesos de la sociedad. Proceso de formación del Ácido sulfúrico: S+O2>so2 so2+1/2O2>So3 SO3+H2>H2SO4